前作『幻想郷調査部隊』の続編かつ完結編です。登場キャラはレミリア、霊夢、咲夜、魔理沙、アリス、フラン、パチュリー、美鈴、紫、藍、阿求、チルノ、妹紅、橙、ルーミア、ミスティア、赤蛮奇、影狼、鈴仙、オリキャラなどです。